Virtual screening methods for ligand and structure based design

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

Szkolenie dotyczyło stosowania metody virtual screening w projektowaniu leków opartym o strukturę ligandu i receptora. W jego trakcie przedstawione zostało również wprowadzone niedawno do pakietu Sybyl szybkie narzędzie do virtual screening: Topomer Search. Program zajęć oparty był na standardowych, komercyjnych szkoleniach "3D-Database Searching" i "Virtual Screening" opracowanych przez firmę Tripos.

Contents 1 Ważne informacje 2 Plan szkolenia 2.1 Wtorek 12 stycznia (9:30 - 17:15*) 2.2 Środa 13 stycznia (9:30 - 17:15*)

Ważne informacje

• Termin: 12-13 stycznia 2010 roku (wtorek-środa)
• Miejsce: II siedziba ICM przy ul. Żwirki i Wigury 93, sala 3085, III p.
• Prowadzący: dr Ulrike Uhrig (Tripos)
• Szkolenie zostanie przeprowadzone w języku angielskim.
• Szkolenie jest bezpłatne.
• Ze względu na pojemność laboratorium komputerowego, liczba uczestników jest ograniczona do 20 osób.
• Szkolenie przeznaczone jest dla osób, które znają podstawy obsługi programu Sybyl.

Plan szkolenia

Wtorek 12 stycznia (9:30 - 17:15*)

Ligand-based Screening techniques

1. Storing small molecules for screening
   • Database creation
2. Compound filtering
3. Diversity selection
4. Fingerprint-based searching for compounds similar to reference structures (2D-similarity)
5. Similarity searching by taking into account 3D-shape and feature similarity (Topomer Search)
6. Pharmacophore based screening
7. Creation of pharmacophores

Środa 13 stycznia (9:30 - 17:15*)

Structure-based Design

1. Protein preparation
2. Database searching with information from the protein
   • Filtering compounds based on size of active site
   • Searching with queries based on receptor-ligand complex information
3. Docking techniques
   • Using docking for prioritization
   • Docking for identification of correct poses
   • Analysis of docking results

(*) przerwa: około 13:15-14:00