VASP
From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski
| VASP w ICM | |
|---|---|
| Produkt: | VASP |
| Producent: | VASP - GROUP |
| Licencja: | komercyjna konieczna własna licencja użytkownika |
| Zainstalowany na: | halo2 |
| Wersja: | 5.2 |
| Email: | pomoc@icm.edu.pl |
| Lista oprogramowania | |
VASP (Vienna Ab-initio Simulation Package) jest bardzo efektywnym kodem do obliczeń ab-initio własności kryształów w ramach przybliżenia funkcjonału gęstości elektronowej (DFT) i metody pseudopotenjału. Oprogramowanie to wykorzystuje bazę fal płaskich i metodę PAW (Projector Augmented Waves), która w porównaniu z konkurencyjnymi podejściami pozwala na znaczną redukcję liczby wykorzystywanych funkcji bazowych przy zachowaniu wysokiej dokładności. VASP pozwala na realizację typowych przy podejściu ab-initio zadań takich, jak obliczanie struktury pasmowej, własności magnetycznych, optymalnej geometrii komórki elementarnej, realizację dynamiki molekularnej i wiele innych.
Więcej szczegółów można znaleźć w dokumentacji do pakietu udostępnionej przez jego twórców na stronach www.
Osoby, które posiadają własną licencję i chciałyby uzyskać dostęp do pakietu na komputerach ICM, prosimy o kontakt.
Uwaga! VASP jest dostępny w ICM tylko dla posiadaczy własnej licencji. ICM nie posiada licencji krajowej na to oprogramowanie. Osoby zainteresowane otrzymaniem licencji odsyłamy na stronę domową pakietu VASP. Inną możliwością jest skorzystanie z pakietu MedeA, zawierającego pakiet Vasp, dostępnego lokalnie w naszym laboratorium użytkowników.
VASP w ICM
Informacje o dostępności pakietu na poszczególnych serwerach obliczeniowych w ICM podsumowuje tabela:
| Maszyna | Szczegółowe informacje |
|---|---|
| halo2 |
|
Szybki start
Do uruchomienia programu VASP potrzebne są następujące pliki:
INCAR
KPOINTS
POSCAR
POTCAR
skrypt kolejkowy - przedstawiony poniżej
zadanie uruchamiamy w katalogu w którym znajdują się pliki poleceniem: qsub nazwa_skryptu_kolejkowego
Skrypt kolejkowy
#!/bin/tcsh
#PBS -N nazwa_zadania
#PBS -q halo2
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -l mem=4gb
#PBS -m abe
#PBS -r n
#PBS -A id_grantu
echo Job started
echo " " at `date`
echo " " on host `hostname`
echo " " working directory is $PBS_O_WORKDIR
echo " " will run on `cat < $PBS_NODEFILE`
set numprocs=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
set numnodes=`uniq $PBS_NODEFILE | wc -l`
uniq -c $PBS_NODEFILE| awk '{printf("%s slots=%d\n", $2, $1)}' - | sed 's/^a/n/' >$PBS_O_WORKDIR/ompi.hosts-$PBS_JOBID
echo "numnodes=$numnodes"
cat $PBS_NODEFILE
echo "============================="
echo $PBS_O_WORKDIR/ompi.hosts-$PBS_JOBID
cat $PBS_O_WORKDIR/ompi.hosts-$PBS_JOBID
echo "============================="
tty
# ustaw srodowisko
cd $PBS_O_WORKDIR/
# Dla VASP-a 4 i 5
module load vasp5
# Dla VASP-a 4
mpirun -np $numprocs /opt/vasp/latest/vasp.openmpi
# DLA VASP-a 5
mpirun -np $numprocs /opt/vasp5/latest/vasp.openmpi
Categories: Oprogramowanie | Obliczenia materiałowe
