From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski
Moduły dostępne w pakiecie SYBYL-X:
- SYBYL Base : SYBYL/BASE, Dynamics
- Receptor-Based Design : Surflex-Dock, CScore, EA-Inventor, RACHEL
- Ligand-Based Design : QSAR/CoMFA, Advanced CoMFA, Topomer CoMFA, HQSAR, Distill, Almond, Clog/CMR, GALAHAD, GASP, Tuplets, Surflex-Sim, VolSurf+
- Structural Biology : Biopolymer, MOLCAD, ProTable, SiteID, FUGUE, ORCHESTAR
- Cheminformatics : Topomer Search, UNITY
- Library Design : Legion/CombiLibMaker + OPTION 3D, Selector, DiverseSolutions
- Structure Representation : CONCORD Stand Alone, PowerCONCORD, Advanced Computation, Confort + Option 3D, StereoPlex, ProtoPlex
SYBYL Base
| SYBYL Base jest centralnym elementem oprogramowania firmy Tripos. Zapewnia jednolity inferfejs graficzny całego środowiska oraz umożliwia wymianę danych między poszczególnymi modułami. Wśród podstawowych narzędzi znajdują się programy do dynamiki molekularnej (klasycznej jak i kwantowej), szkicowania, generowania i analizy konformacji molekuł, tworzenia deskryptorów oraz analizy oddziaływań międzymolekularnych. Pakiet zawiera także rozbudowane narzędzia do wizualizacji molekuł i ich właściwości fizykochemicznych. Wbudowany arkusz kalkulacyjny, dający bezpośredni dostęp do parametrów analizowanych molekuł, umożliwia wygodne opracowanie wyników uzyskanych przez poszczególne moduły. Dużą zaletą środowiska Sybyl jest zaawansowany język skryptowy SPL (SYBYL Programming Language) pozwalający na zautomatyzowanie często powtarzanych czynności oraz pisanie własnych modułów (łącznie z interfejsem graficznym). Więcej...
|
Receptor-Based Design
| Podstawowe narzędzie do projektowania leków w oparciu o znaną strukturę receptora to pakiet Surflex-Dock. Umożliwia on dokowanie giętkich ligandów do sztywnego miejsca wiążącego. Program jest w pełni zintegrowany z Sybylem, dzięki czemu wykorzystuje jego możliwości w zakresie przygotowania bazy ligandów jak i struktury receptora oraz posiada dostęp do funkcji grupy CScore i narzędzia Consensus Scoring. Interfejs graficzny umożliwia wygodną konfigurację zadania oraz przeglądanie wyników. Moduły RACHEL oraz EA-Inventor służą do projektowania ligandów de novo, bądź udoskonalania istniejących cząsteczek. Więcej...
| 
|
Ligand-Based Design
| Oprogramowanie firmy Tripos zawiera szereg modułów do statystycznej analizy aktywności molekuł w zależności od ich właściwości fizykochemicznych (QSAR). Rozszerzeniem w stosunku do standardowych narzędzi są pakiety Advanced CoMFA, Volsurf oraz HQSAR. Umożliwiają one tworzenie deskryptorów opartych o strukturę przestrzenną cząsteczek jak i pól przez nie generowanych (Comparative Molecular Field Analysis). Integrację danych uzyskiwanych z poszczególnych pakietów zapewnia wbudowany arkusz kalkulacyjny.
Do generowania farmakoforów w oparciu o grupę znanych ligandów służą moduły GALAHAD, GASP oraz Tuplets. Więcej...
|
Structural Biology
| Rozbudowany moduł Biopolymer jest zestawem narzędzi służących do budowania, weryfikowania i analizy modeli struktur makromolekularnych takch jak białka i kwasy nukleinowe. Umożliwia przewidywanie struktur drugo i trzeciorzędowych oraz konstruowanie "pętli" w białkach w oparciu o homologię w stosunku do znanych molekuł (razem z oprogramowaniem Tripos dostarczana jest baza danych Prodat, zawierająca wysokiej jakości struktury białkowe) jak i de novo, wykorzystując dostępne pola siłowe. Moduł ProTable pozwala na powiązanie właściwości strukturalnych białka z jego sekwencją i analizę właściwości fizykochemicznych kolejnych aminokwasów przy wykorzystaniu arkusza kalkulacyjnego. Dzięki modułowi SiteID możliwe jest znajdowanie potencjalnych miejsc wiążących. Więcej...
| 
|
Cheminformatics
| Oprogramowanie Tripos zawiera rozbudowany zestaw narzędzi do obsługi i przeszukiwania molekularnych baz danych. Dzięki bogatym możliwościom importowania danych możliwe jest korzystanie z praktycznie wszystkich ważniejszych komercyjnych baz danych. Program Concord umożliwia szybkie wygenerowanie struktur przestrzennych molekuł w oparciu o informacje zawarte w tabeli połączeń atomowych. Moduł UNITY pozwala na przeszukiwanie baz danych w oparciu o rozbudowany system zapytań. Możliwe jest wyszukiwanie molekuł o określonej strukturze przestrzennej, spełniających więzy farmakoforyczne wygenerowane na podstawie zadanej struktury receptora. Moduły takie jak FUGUE i ORCHESTRAR pozwalają na badanie homologii białek w oparciu o sekwencję aminokwasową. Umożliwiają przewidywanie budowy przestrzennej oraz funkcji białek na podstawie struktury pierwszorzędowej. Więcej...
|
Library Design
| Wykorzystując narzędzia takie jak CombiLibMaker można stworzyć bibliotekę molekuł zbudowanych w oparciu o wszelkie kombinacje zadanych podstawników, a następnie wykorzystać ją jako źródło potencjalnych ligandów. Moduł DiverseSolutions umożliwia wygenerowanie różnych izomerów i konformerów, natomiast moduł Selector pozwala na klasteryzację wygenerowanych związków pod względem ich struktur oraz przewidywanych właściwości chemicznych. Więcej...
| 
|
