Schroedinger: ZasadyLicencji2012

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

Oprogramowanie Schrödinger
Produkt:	wielopakiet
Producent:	Schrödinger
Licencja:	krajowa, płatna
Zainstalowany na:	halo2
Wersja:	Suite 2010, Suite 2011
Email:	maria@icm.edu.pl
Oprogramowanie Schrödinger w ICM
Nowinki
Zasady licencji 2012
Zasady licencji 2011
Zasady licencji 2010
Uruchamianie
"Gotowe rozwiązania", pomoc
Szkolenia, spotkania, seminaria
Poradniki
Poradnik ICM: Modelowanie biomolekularne (Joanna Trylska, Magdalena Gruziel)
Poradnik ICM: Projektowanie leków (Piotr Setny)
molnet.eu - niezależny portal internetowy poświęcony modelowaniu; redagowany przez Marka Doskocza

Contents 1 Wstęp 2 Programy dostępne w ramach licencji 2.1 Programy dostępne w systemie tokenowym 2.2 Programy dostępne przez pulę licencji 2.3 Ograniczenia wynikające z licencji akademickiej 3 CENNIK, czyli zasady uczestnictwa w licencji krajowej 3.1 Licencje na Glide + XP Vis 3.2 Tokeny na pozostałe moduły w licencji 4 FORMALNOŚCI, czyli jak się zarejestrować

Wstęp

Krajowa licencja akademicka na oprogramowanie Schrödinger będzie obowiązywała od 1 lutego 2012 do 31 stycznia 2013 r.

Obejmuje 21 licencji na program Glide XP Visualizer i 55 tokeny do bibliotek : Liaison, Qsite, Jaguar, pKa, MacroModel, Minta, ConfGen, QikProp, Prime, LigPrep, Phase, Strike, CombiGlide, Epik, SiteMap, PrimeX, Canvas, Core Hopping and MCPro+ (plus the add on-FFLD server) i 500 tokenów na dostęp do Knime

W licencji współuczestniczą następujące instytucje:

• Instytut Farmaceutyczny PAN w Krakowie
• TASK Gdańsk
• Instytut Fizyki UMK Toruń
• ICM Warszawa
• Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Token - każdy uruchamiany moduł (np CombiGlide, Jaguar, Qsite) pobiera pewną liczbą tokenów. Poniżej, w nawiasach, podany jest koszt tokenowy każdego modułu. W momencie uruchamiania jakiegoś modułu z ogólnej puli żetonów pobierana jest stosowna liczba żetonów (np 2 dla Jaguar'a). Kiedy moduł zakończy obliczenia, tokeny są zwracane do puli. Czyli jednocześnie w ramach całej licencji ogólnokrajowej może być uruchomionych np 23 obliczeń modułem Jaguar lub 13 obliczeń Jaguara i 5 Qsite).

Licencje na dany moduł umożliwiają uruchomienie tylu obliczeń tym modułem, ile jest licencji.

W ramach oprogramowania Schrödinger dostępne są poniżej wypisane programy (w nawiasach podana jest liczba tokenów pobierana przez dany program przy uruchomieniu na jednym procesorze).

Programy dostępne w ramach licencji

• Maestro - NIE POBIERA TOKENÓW - jest to interface graficzny, darmowy dla celów akademickich, zatem najprościej jest go sobie indywidualnie zainstalować. Umożliwia budowę modeli cząsteczek, wizualizację, przygotowanie zadań. Program można darmowo pobrać ze strony dostawcy

Programy dostępne w systemie tokenowym

• Epik (1) - program do szybkiego wyznaczania pK_a w oparciu o metody Hammet'a i Taft'a. Przewiduje pK_a dla wielu tautomerów i stanów jonowych możliwych w danych warunkach.

• Jaguar (2) - pakiet do obliczeń ab initio zarówno w fazie gazowej jak i roztworach. Szczególnie polecany do obliczeń na układach zawierających atomy metalu.
  • Jaguar - pKa Predictor (3)

• Liaison (4) - program do przewidywania energii wiązania kompleksu ligand-receptor.

• LigPrep (1) - program do przewidywania trójwymiarowej struktury ligandu na podstawie struktury 2D z uwzględnieniem tautomerów, stanów jonizacyjnych.

• MacroModel (2) - zaawansowany pakiet do modelowania molekularnego. Umożliwia prowadzenie dynamiki molekularnej, stochastycznej dynamiki, mieszanych metod Monte Carlo, obliczenia zmian energii swobodnej z użyciem metody FEP (free energy perturbation) i modułu MINTA. Obsługuje różne pola siłowe: MM2, MM3, AMBER, AMBER94, MMFF, OPLS, MMFFs oraz OPLS-AA.
  • MacroModel - ConfGen (3)
  • MacroModel - MINTA (3)

• QikProp (2) - program do przewidywania farmakologicznych własności kandydatów na lek (tzw. testy ADME - Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion)

• SiteMap (1) - program do szybkiego i precyzyjnego wyszukiwania miejsca wiążącego w receptorze.

• Strike (1) - program do statystycznego modelowania i do badań QSAR

• CombiGlide (5) - program do racjonalnego projektowania bibliotek kombinatorycznych, pomocny w projektowaniu leków.

• Qsite (4) - wydajny program do mieszanej dynamiki kwantowo-klasycznej (QM/MM).

• Prime (8) - innowacyjny program do precyzyjnego przewidywania struktury trzeciorzędowej białek.

• PrimeX (7) -

• Phase (5) -

• MCPro+ (1) -

• Canvas (1) -

• CoreHopping -

Programy dostępne przez pulę licencji

• Glide + XP Visualizer

Informacja o wszystkich programach na stronach producenta

Ograniczenia wynikające z licencji akademickiej

• Z Oprogramowania mogą korzystać wyłącznie użytkownicy akademiccy. Użytkownikiem akademickim jest student lub pracownik instytucji oferującej wykształcenie wyższe.
• Z Oprogramowania można korzystać tylko w miejscu instytucji akademickiej zgodnie z opisem w niniejszej Ofercie Cenowej.
• Oprogramowanie może być wykorzystywane wyłącznie na potrzeby akademickie i nie może być wykorzystywane w żadnym projekcie wspierającym lub wspieranym przez środki lub przedsiębiorstwo komercyjne. Ograniczenie to nie stosuje się do badań podstawowych prowadzonych w ramach projektów wspieranych przez przedsiębiorstwo komercyjne, kiedy to przedsiębiorstwo komercyjne nie czerpie zysków finansowych oraz nie nabywa praw własnościowych wynikłych z prowadzonych badań podstawowych.
• Jakiekolwiek wyniki lub odkrycia dokonane z wykorzystaniem Oprogramowania nie mogą być utrzymywane jako poufne lub na prawach własnościowych i powinny zostać udostępnione na użytek publiczny bez ograniczeń.

By móc korzystać z Oprogramowania do celów komercyjnych lub by zachować wyniki badań lub odkrycia jako poufne,
Licencjobiorca może przejść z licencji akademickiej do pełnej licencji komercyjnej 
na warunkach uzgodnionych przez Licencjobiorcę i firmę Schrödinger.

CENNIK, czyli zasady uczestnictwa w licencji krajowej

Użytkownicy ICM, na maszynach ICM mogą korzystać z oprogramowania bezpłatnie. Istnieje jednak możliwość zainstalowania oprogramowania na własnym/instytutowym komputerze, z dostępem do pełnej licencji - taką możliwość daje przyłączenie się do licencji.

Do licencji może się przyłączyć dowolna instytucja akademicka w Polsce. Koszt przyłączenia zależy od zakresu w jakim Uczestnik chce korzystać z licencji, przy czym musi być on nie mniejszy niż 2000 USD. Niemniej, w każdym z poniżej wymienionych przypadków, Uczestnik zyskuje możliwość korzystania z oprogramowania Schrodinger na własnym komputerze oraz dostęp do pełnej licencji, czyli wszystkich tokenów i licencji Glide + XP Vis, przy czym liczba jednocześnie uruchamianych obliczeń w ramach tej licencji nie powinna przekraczać liczby zakupionych przez Uczestnika dodatkowych tokenów lub licencji Glide + XP Vis. Zakupione dodatkowe licencje Glide+XP Vis lub tokeny włączane są do pełnej licencji.

UWAGA! Poniższe ceny nie zawierają podatku VAT.

Licencje na Glide + XP Vis

Koszt pojedynczej licencji Glide + XP Visualizer to 450 USD, n licencji kosztuje odpowiednio n*450 USD. Licencje Glide + XP Vis są przeznaczone dla tych Uczestników, którzy chcą wykonywać przede wszystkim zadania Glide.

Tokeny na pozostałe moduły w licencji

Koszt jednego tokenu to 375 USD, n tokenów kosztuje odpowiednio n*375 USD.

FORMALNOŚCI, czyli jak się zarejestrować

Przyłączenie się do licencji następuje po wypełnieniu (podpisaniu przez osobę upoważnioną) i wysłaniu firmie Schrödinger (jako fax, e-mail lub pocztą tradycyjną pod wskazany na końcu formularza zamówienia adres) dwóch dokumentów: formularza zamówienia oraz fragmentu cennika.

Podpisanie i wysłanie zamówienia oznacza, że Uczestnik zgadza się z ogólnymi warunkami Umowy Użytkownika i warunkami zawartymi w cenniku .

Prosimy o przesłanie kopii (skanu) formularza zamówienia do Annette Höglund (annette.hoeglund_at_schrodinger.de) i opiekuna licencji (maria_at_icm.edu.pl).

Oprogramowanie pobiera się ze stron www producenta po uprzedniej rejestracji. Po dopełnieniu wszelkich formalności, podłączenie do licencji następuje przez dodanie numeru IP maszyny, na której będzie zainstalowane oprogramowanie, do listy numerów upoważnionych. Prosimy zatem o przekazanie tego numeru opiekunowi licencji.

W razie wszelkich pytań lub wątpliwości prosimy o kontakt z opiekunem licencji.