Schroedinger: ZasadyLicencji2009

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

Oprogramowanie Schrödinger
Produkt:	wielopakiet
Producent:	Schrödinger
Licencja:	krajowa, płatna
Zainstalowany na:	halo2, lab edukacyjny
Wersja:	Suite 2010, Suite 2011
Email:	maria@icm.edu.pl
Oprogramowanie Schrödinger w ICM
Nowinki
Zasady licencji 2012
Zasady licencji 2011
Zasady licencji 2010
Uruchamianie
"Gotowe rozwiązania", pomoc
Szkolenia, spotkania, seminaria
Poradniki
Poradnik ICM: Modelowanie biomolekularne (Joanna Trylska, Magdalena Gruziel)
Poradnik ICM: Projektowanie leków (Piotr Setny)
molnet.eu - niezależny portal internetowy poświęcony modelowaniu; redagowany przez Marka Doskocza

Contents 1 Wstęp 2 Programy dostępne w ramach licencji 2.1 Programy dostępne w systemie tokenowym 2.2 Programy dostępne przez pulę licencji 3 CENNIK, czyli zasady uczestnictwa w licencji krajowej 3.1 Licencje na Glide + XP Vis 3.2 Tokeny na pozostałe moduły w licencji 3.3 Dodatkowe moduły 4 FORMALNOŚCI, czyli jak się zarejestrować

Wstęp

Krajowa licencja akademicka na oprogramowanie Schrödinger obowiązuje od 1 lutego 2009 do 31 stycznia 2010 r. Obejmuje 18 tokenów oraz 10 licencji na program Glide i XP Visualizer. W ramach oprogramowania Schrödinger dostępne są poniżej wypisane programy (w nawiasach podana jest liczba tokenów pobierana przez dany program przy uruchomieniu na jednym procesorze).

Token - każdy uruchamiany moduł (np CombiGlide, Jaguar, Qsite) pobiera pewną liczbą tokenów. Poniżej, w nawiasach, podany jest koszt tokenowy każdego modułu. W momencie uruchamiania jakiegoś modułu z ogólnej puli żetonów (18 w roku 2009) pobierana jest stosowna liczba żetonów (np 2 dla Jaguar'a). Kiedy moduł zakończy obliczenia, tokeny są zwracane do puli. Czyli jednocześnie w ramach całej licencji ogólnokrajowej może być uruchomionych np 9 obliczeń modułem Jaguar lub 5 obliczeń Jaguara i 2 Qsite).

Licencje na dany moduł umożliwiają uruchomienie tylu obliczeń tym modułem, ile jest licencji.

UWAGA: Obecnie licencja nie obejmuje programów:

• MCPro+ (1)
• Canvas (1)
• Phase (5)
• PrimeX (7)

Programy dostępne w ramach licencji

• Maestro - NIE POBIERA TOKENÓW - jest to interface graficzny, darmowy dla celów akademickich, zatem najprościej jest go sobie indywidualnie zainstalować. Umożliwia budowę modeli cząsteczek, wizualizację, przygotowanie zadań.

Programy dostępne w systemie tokenowym

• Epik (1) - program do szybkiego wyznaczania pK_a w oparciu o metody Hammet'a i Taft'a. Przewiduje pK_a dla wielu tautomerów i stanów jonowych możliwych w danych warunkach.

• Impact (1) -

• Jaguar (2) - pakiet do obliczeń ab initio zarówno w fazie gazowej jak i roztworach. Szczególnie polecany do obliczeń na układach zawierających atomu metalu.
  • Jaguar - pKa Predictor (3)

• Liaison (4) - program do przewidywania energii wiązania kompleksu ligand-receptor.

• LigPrep (1) - program do przewidywania trójwymiarowej struktury ligandu na podstawie struktury 2D z uwzględnieniem tautomerów, stanów jonizacyjnych.

• MacroModel (2) - zaawansowany pakiet do modelowania molekularnego. Umożliwia prowadzenie dynamiki molekularnej, stochastycznej dynamiki, mieszanych metod Monte Carlo, obliczenia zmian energii swobodnej z użyciem metody FEP (free energy perturbation) i modułu MINTA. Obsługuje różne pola siłowe: MM2, MM3, AMBER, AMBER94, MMFF, OPLS, MMFFs oraz OPLS-AA.
  • MacroModel - ConfGen (3)
  • MacroModel - MINTA (3)

• QikProp (2) - program do przewidywania farmakologicznych własności kandydatów na lek (tzw. testy ADME - Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion)

• SiteMap (1) - program do szybkiego i precyzyjnego wyszukiwania miejsca wiążącego w receptorze.

• Strike (1) - program do statystycznego modelowania i do badań QSAR

• CombiGlide (5) - program do racjonalnego projektowania bibliotek kombinatorycznych, pomocny w projektowaniu leków.

• Qsite (4) - wydajny program do mieszanej dynamiki kwantowo-klasycznej (QM/MM).

• Prime (8) - innowacyjny program do precyzyjnego przewidywania struktury trzeciorzędowej białek.

Programy dostępne przez pulę licencji

• Glide + XP Visualizer

Informacja o wszystkich programach na stronach producenta

CENNIK, czyli zasady uczestnictwa w licencji krajowej

Użytkownicy ICM, na maszynach ICM mogą korzystać z oprogramowania bezpłatnie. Istnieje jednak możliwość zainstalowania oprogramowania na własnym/instytutowym komputerze, z dostępem do pełnej licencji - taką możliwość daje przyłączenie się do licencji.

Do licencji może się przyłączyć dowolna instytucja akademicka w Polsce. Koszt przyłączenia zależy od zakresu w jakim Uczestnik chce korzystać z licencji. Niemniej, w każdym z poniżej wymienionych przypadków, Uczestnik zyskuje możliwość korzystania z oprogramowania Schrodinger na własnym komputerze oraz dostęp do pełnej licencji, czyli wszystkich tokenów i licencji Glide + XP Vis, przy czym liczba jednocześnie uruchamianych obliczeń w ramach tej licencji nie powinna przekraczać liczby zakupionych przez Uczestnika dodatkowych tokenów lub licencji Glide + XP Vis. Zakupione dodatkowe licencje Glide+XP Vis lub tokeny włączane są do pełnej licencji.

UWAGA! Poniższe ceny nie zawierają podatku VAT.

Licencje na Glide + XP Vis

Koszt pojedynczej licencji Glide + XP Visualizer to 450 USD, n licencji kosztuje odpowiednio n*450 USD. Licencje Glide + XP Vis są przeznaczone dla tych Uczestników, którzy chcą wykonywać przede wszystkim zadania Glide.

Tokeny na pozostałe moduły w licencji

Koszt jednego tokenu to 375 USD, n tokenów kosztuje odpowiednio n*375 USD.

Dodatkowe moduły

Istnieje możliwość dodania do licencji jednego z czterech modułów: MCPro+, Canvas, PrimeX, Phase.

Przyłączenie modułu odpowiada zakupowi dwóch tokenów, czyli koszt modułu to 750 USD.

FORMALNOŚCI, czyli jak się zarejestrować

Przyłączenie się do licencji następuje po wypełnieniu (podpisaniu przez osobę upoważnioną) i wysłaniu firmie Schrödinger formularza zamówienia (jako fax, e-mail lub pocztą tradycyjną pod wskazany na końcu formularza adres). W polu ceny należy wpisać koszt zakupu i w nawiasie wyszczególnić co i w jakich ilościach się kupuje, np 900 USD (2 Glide+XP Vis licenses).

Podpisanie i wysłanie zamówienia oznacza, że Uczestnik zgadza się z ogólnymi warunkami Umowy Użytkownika (wersja polska).

Prosimy o przesłanie kopii (skanu) formularza zamówienia do Annette Höglund (annette.hoeglund_at_schrodinger.de) i opiekuna licencji (magd_at_icm.edu.pl).

Oprogramowanie pobiera się ze stron www producenta po uprzedniej rejestracji. Po dopełnieniu wszelkich formalności, podłączenie do licencji następuje przez dodanie numeru IP maszyny, na której będzie zainstalowane oprogramowanie, do listy numerów upoważnionych. Prosimy zatem o przekazanie tego numeru opiekunowi licencji.

W razie wszelkich pytań lub wątpliwości prosimy o kontakt z opiekunem licencji.