RedMD
From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski
| RedMD w ICM | |
|---|---|
| Produkt: | RedMD |
| Producent: | |
| Licencja: | GPL |
| Zainstalowany na: | |
| Wersja: | 2.2 |
| Email: | redmd@icm.edu.pl & P.Zielinski@icm.edu.pl |
| Lista oprogramowania | |
RedMD (Reduced Molecular Dynamics) to stworzony i rozwijany w Laboratorium Maszyn Biomolekularnych pakiet dynamiki molekularnej dedykowany symulacjom dużych układów molekularnych w oparciu o modele gruboziarniste.
RedMD umożliwia prowadzenie symulacji dynamiki molekularnej (NVE i NVT), stochastycznej dynamiki Langevin'a i dynamiki brownowskiej oraz globalnej optymalizacji metodą Monte Calo. Zawiera także narzędzia analizy drgań normalnych.
Pakiet został zaimplementowany w językach C i C++. Wykorzystanie technologii OpenMP umożliwia równoległe uruchamianie RedMD na wieloprocesorowych architekturach o pamięci współdzielonej.
Źródła pakietu RedMD są dostępne tutaj:
Można także zapoznać się z dokumentacją:
Zespół RedMD udzieli odpowiedzi na wszelkie pytania związane z instalacją i wykorzystaniem pakietu.
Categories: Oprogramowanie | Bioinformatyka i obliczenia biomolekularne
