ProtoMol

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

ProtoMol w ICM
Produkt:	ProtoMol
Producent:
Licencja:	akademicka
Zainstalowany na:	halo2
Wersja:	2.0
Email:	rakowski@icm.edu.pl
Lista oprogramowania

ProtoMol

ProtoMol jest programem służącym do symulacji dynamiki makrocząsteczek. Został napisany przez zespół naukowy pod kierunkiem dr. Jesús A. Izaguirre obecnie pracującego na Uniwersytecie Notre Dame, Indiana. Szczególny wysiłek został włożony w rozwijanie i implementacje różnych algorytmów dynamiki molekularnej, dzięki temu w pakiecie dostępnych jest wiele metod całkowania równań ruchu, między innymi algorytm wielokrotnego kroku czasowego (rRESPA, MOLLY), całkowanie równań Langeveina, podstawowe itegratory typu Velocity Verlet. Zaimplemetowane zostały szybkie algorytmy do obliczania oddziaływań dalekozasięgowych, takie jak: Sumowanie Ewalda, metoda PME czy Multi-grid. Pole siłowe używane jest kompatybilne z formatem CHARMMa, a pakiet obsługuje kilka podstawowych formatów danych wejściowych (pdb,xyz,...). System jest w stanie prowadzić obliczenia dla systemów wieloatomowych ( do miliona atomów ). Program jest napisany w języku C++ i przystosowany do pracy na wielu procesorach - używając technologii MPI czy LAMMPI.

ProtoMol w ICM

Bieżąca wersja pakietu to, ProtoMol V2.0. Na życzenie użytkowników pakiet może być zainstalowany na klastrze halo2

Dokumentacja

Dokumentacja, opis i przykłady użycia dostępne są na stronie głównej pakietu ProtoMol