Pfam
From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski
| Pfam w ICM | |
|---|---|
| Produkt: | Baza |
| Producent: | Sanger Institute |
| Licencja: | darmowa do celów akademickich |
| Zainstalowany na: | halo |
| Wersja: | 20.0 |
| Email: | lukas@icm.edu.pl |
| Lista oprogramowania | |
Baza Pfam-A to baza opisanych sekwencyjnych domen białkowych. Pliki bazy w postacji prekompilowanych ukrytych łańcuchów Markowa przygotowano do przeszukawania narzędziami pakietu HMMER. Ponieważ prekompilowane modele są pierwotnie przygotowane automatycznie, pracownicy Sanger Institute dokonują częściowej weryfikacji danych, usówając dane wg. nich wątpliwe. Jednakże do przeszkiwań udostepniane są obie wersje baz.
Contents |
Lokalizacja
*/opt/seqdb/Pfam/Pfam-A.full - anotacja Pfam-A, wersja nie kurowana,
*/opt/seqdb/Pfam/Pfam-A.seed - anotacja Pfam-A, wersja kurowana,
*/opt/seqdb/Pfam/Pfam_fs - plik bazy z modelamia HMM (wersja nie kurowana),
*/opt/seqdb/Pfam/Pfam_ls - plik bazy z modelamia HMM (wersja kurowana).
Aktualizacje
Przy nowym wydaniu bazy w Sanger Institute.
Dokumentacja
[1] - Pliki pomocy na stronie Sanger Institute (j. angielski).
Referencje
Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer and Alex Bateman Nucleic Acids Research (2006) Database Issue 34:D247-D251
