PDC
From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski
| PDC w ICM | |
|---|---|
| Produkt: | PDC |
| Producent: | |
| Licencja: | GPL |
| Zainstalowany na: | |
| Wersja: | 1.0 |
| Email: | M.Dlugosz@icm.edu.pl |
| Lista oprogramowania | |
PDC (Potential Derived Charges) to stworzony i rozwijany w Laboratorium Maszyn Biomolekularnych pakiet umożliwiający opis makromolekuł przy pomocy ograniczonej liczby efektywnych ładunków umieszczonych w jednorodnym dielektryku. Efektywne ładunki obliczone w programie PDC odtwarzają potencjał elektrostatyczny molekuły wyznaczony numerycznie w modelu Poissona-Boltzmanna. Tego rodzaju ładunki pozwalają zredukować koszt obliczania sił i energii elektrostatycznych w symulacjach molekularnych, mogą także zostać wykorzystane do tworzenia zredukowanych modeli makromolekuł.
Pakiet został zaimplementowany w języku C. Wykorzystanie technologii OpenMP umożliwia równoległe uruchamianie PDC na wieloprocesorowych architekturach o pamięci współdzielonej.
Źródła pakietu PDC są dostępne tutaj:
Można także zapoznać się z dokumentacją:
Autor PDC udzieli odpowiedzi na wszelkie pytania związane z instalacją i wykorzystaniem pakietu.
Categories: Oprogramowanie | Bioinformatyka i obliczenia biomolekularne
