NCBITOOLS
From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski
| NCBITOOLS w ICM | |
|---|---|
| Produkt: | NCBITOOLS |
| Producent: | NCBI |
| Licencja: | darmowa do celów akademickich |
| Zainstalowany na: | halo |
| Wersja: | 2.2.10 |
| Email: | lukas@icm.edu.pl |
| Lista oprogramowania | |
Pakiet programow narzedziowych wspolpracujacych z pakietem BLAST i zasobami siecowymi NCBI. Rozwijany przez pracownikow NCBI ulatwia lokalne kozystanie z taksonomi, zasobow baz NCBI w tym Entrez i GeneBank.
Contents |
Ustawienie środowiska:
* use_ncbitools
Dokumentacja:
- /opt/ncbitools/doc/
Referencje:
- Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. & Lipman, D.J. (1990) "Basic local alignment search tool." J. Mol. Biol. 215:403-410.
- Gish, W. & States, D.J. (1993) "Identification of protein coding regions by database similarity search." Nature Genet. 3:266-272.
- Madden, T.L., Tatusov, R.L. & Zhang, J. (1996) "Applications of network BLAST server" Meth. Enzymol. 266:131-141.
- Altschul, S.F., Madden, T.L., Schffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. & Lipman, D.J. (1997) "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs." Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
- Zhang Z., Schwartz S., Wagner L., & Miller W. (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.
- Zhang, J. & Madden, T.L. (1997) "PowerBLAST: A new network BLAST application for interactive or automated sequence analysis and annotation." Genome Res. 7:649-656.
Instalacja:
- /opt/ncbitools
