NAMD

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

NAMD w ICM
Produkt:	NAMD
Producent:	University of Illinois
Licencja:	NAMD
Zainstalowany na:	halo2, notos
Wersja:
Email:	pomoc@icm.edu.pl
Lista oprogramowania

NAMD w ICM zainstalowany jest na komputerze halo2. Plik wykonywalny NAMDa namd2 znajduje się w katalogu /opt/namd/bin.

Przykladowy skrypt PBS wstawiajacy zadanie NAMDa do kolejki:

#!/bin/tcsh
#PBS -N namd_job
#PBS -l nodes=2:ppn=16
#PBS -l walltime=00:15:00
#PBS -l mem=16gb
#PBS -m e
#PBS -m a
#PBS -r n
##

set NAMD_CONFIG_FILE=tcell_test.namd 

module load openmpi/1.4.2/gcc4.4.3

echo Job $PBS_JOBNAME started
echo "  "  at `date`
echo "  "  on host `hostname`
echo "  "  will run on `cat < $PBS_NODEFILE`
echo "  " NAMD config file is $NAMD_CONFIG_FILE

set NODES = `cat $PBS_NODEFILE`
@ NUMPROCS = $#NODES 

cd $PBS_O_WORKDIR

/opt/namd/bin/charmrun +p$NUMPROCS ++mpiexec /opt/namd/bin/namd2 $NAMD_CONFIG_FILE > $PBS_JOBNAME.out

echo Job finished at `date`

Szkolenia

• Kurs: Wprowadzenie do symulacji dynamiki molekularnej z uzyciem NAMD/VMD