Kurs: Wprowadzenie do symulacji dynamiki molekularnej z uzyciem NAMD/VMD

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

Regulamin szkoleń
Szkolenie
Temat:	Wprowadzenie do symulacji dynamiki molekularnej z użyciem NAMD/VMD
Prowadzący:	Adam Górecki
Termin:	29 V 2007 (11-16)
Poprzednie terminy:
Miejsce:	ICM, Żwirki i Wigury 93, sala 3085 http://www.icm.edu.pl/kdm.static/mapki/
Kontakt:	Piotr Kmieć
Opłata za szkolenie
Procedura dokonywania płatności
Użytkownicy ICM:	nieodpłatnie
Studenci oraz doktoranci:	50 zł
Pozostali pracownicy akademiccy i pracownicy instytutów PAN:	100 zł
Pozostali uczestnicy:	200 zł
Wpłaty
Wpłaty prosimy dokonywać na konto
Bank Millennium SA 59 1160 2202 0000 0000 6084 9685
po otrzymaniu maila potwierdzającego rezerwację miejsca na szkoleniu.
Lista wszystkich szkoleń

Zakres materiału

• Temat: oprogramowanie dynamiki molekularnej NAMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/)
  i jego współpraca z oprogramowaniem wizualizacyjno-narzedziowym VMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)
• Forma kursu: laboratorium komputerowe;
• Zagadnienia:
  • Przygotowanie prostej dynamiki molekularnej białka z użyciem pakietu VMD (z użyciem GUI)
  • Dynamika białka programem NAMD:
    • uruchomienie lokalne programu,
    • obserwacja dynamiki programem VMD,
    • interaktywne dodawanie sił
  • Dynamika białka programem NAMD:
    • uruchomienie na klastrze halo w ICM;
  • Analiza wyników dynamiki molekularnej z użyciem programów VMD i NAMD
  • Funkcje skryptowe VMD i NAMD - wbudowany interpreter jezyka Tcl;
  • Zaawansowane funkcje oprogramowania NAMD i VMD
• Wymaganie:
  • podstawowe wiadomosci o pracy w systemie Linux i klasycznej pełnoatomowej

dynamice molekularnej

• Hasła:
  • rodzaje oddziaływań,
  • pole siłowe,
  • topologia,
  • parametry,
  • współrzędne,
  • trajektoria