HMMER
From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski
| HMMER w ICM | |
|---|---|
| Produkt: | HMMER |
| Producent: | R. Durbin |
| Licencja: | darmowa do celów akademickich |
| Zainstalowany na: | halo |
| Wersja: | 2.3.2 |
| Email: | L.Ligowski@icm.edu.pl |
| Lista oprogramowania | |
Pakiet programów do poszukiwania homologow sekwencyjnych białek w oparciu o ukryte łańcuchy markowa. W skład pakietu wchodzą programy hmmbuild (budowa łańcucha dla danego alignmentu wielu sekwencji), hmmcalibrate (kalibracja modelu), hmmsearch (przeszukiwanie sekwencyjnej bazy danych utworzonym łańcuchem), hmmpfam (przeszukiwanie sekwencja bazy łańcuchow), hmmemit (wypisanie prawdopodobnych sekwencji (ew. konsensusu) na podstawie łańcucha).
Contents |
Ustawienie środowiska:
* use_hmmer
Dokumentacja:
- http://hmmer.wustl.edu/#documentation
- halo:/opt/hmmer/Userguide.pdf
Referencje:
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, and G. Mitchison, Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids, Cambridge University Press, 1998.
Instalacja:
- /opt/blast
