Dalton

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

Dalton w ICM
Produkt:	Dalton
Producent:
Licencja:	darmowa do celów akademickich
Zainstalowany na:	halo
Wersja:	2.0
Email:	rakowski@icm.edu.pl
Lista oprogramowania

Dalton jest pakietem składającym się z programów obliczeniowych dla mechaniki kwantowej cząsteczek. Posiada zaimplementowane metody obliczeniowe własności molekularynych na następujących poziomach teorii: HF, DFT, MCSCF i CC. Podstawowe cechy tego programu to:

• metody optymalizacji geometrii pierwszego i drugiego rzędu
• efektywne i niezawodne metody drugiego rzedu znajdowania stanów przejściowych
• możliwe prowadzenie optymalizacji z więzami (odległości między atomowe, kąty, kąty dwuścienne)
• dostępne numerycznie wszysktkie pochodne energii, wykorzystujące najwyższą pochodną daną analitycznie
• kody HF i DFT mogą być wykonywane sekwencyjnie lub równolegle. (używa się replik macierzy Focka i interfejsów MPI lub PVM3)
• implementacja efektywnych potencjałów rdzeniowych (ECPs)

Dalton w ICM

Dalton w ICM zainstalowany jest na klastrze halo. Program dostępny jest w dwóch wersjach:

• Wersja sekwencyjna skompilowana bez MPI.

Skrypt wsatwiający zadanie do kolejki w trybie jednoprocesorowym znajduje się na klastrze halo: /opt/examples/pbs/dalton/run_dalton

• Wersja równoległa skompilowana z MPI.

Skrypt wsatwiający zadanie do kolejki w trybie jednoprocesorowym znajduje się na klastrze halo: /opt/examples/pbs/dalton/run_dalpar Skrypt uruchamiający program jest tak przerobiony aby używana była komenda mpiexec a nie mpirun. Informacja o zasobach jakie mają być dostępne w czasie obliczeń przekazywana jest przez system kolejkowania PBS. Pod hasłem PBS znajduje się także dokładny opis systemu kolejkowego zainstalowanego na klastrze halo.

Wyniki testów na komputerze halo

Pakiet Dalton został przetestowany na klastrze halo. Wszystkie testy (ponad 220), zarówno na pracę w trybie równoległym jak i sekwencyjnym, zostały przeprowadzone a ich wyniki porównane do referencyjnych. W kilku przypadkach zostały zasygnalizowane błędy. Dotyczą one następujących testów:

1. Wszystkie nie równoległe testy "TEST all": Rozbieżności numeryczne z testami referencyjnymi:

• prop_newtrasoppacc

Obliczenia kończą się błędem i są przerywane:

• rsp_lrso
• rsp_lrso2
• rsp_phosph
• rsp_sreslrso
• walk_vibave
• walk_vibave2
• prop_newtrasoppa
• prop_newtramcscf
• rsp_g_cas
• dpt_h2s_ff

Z czego testy rsp_lrso rsp_lrso2 rsp_phosph rsp_sreslrso wymienione są przez autorów w pliku KNOWN_PROBLEMS jako sprawiające trudności w trybie 64-bitowym.

2. Testy przeprowadzone w pracy równoległej "TEST parallel": Rozbieżności numeryczne z testami referencyjnymi:

• prop_parallel
• geoopt_parallel

UWAGI:

• Rozbieżności numeryczne nie muszą oznaczać iż oblicznenia te nie mają sensu.
• Opis testów można pobrać z pliku

Dokumentacja

Dokumentacja do oprogramowania Dalton dostępna jest na stronie domowej pakietu Dalton.