Views

Charmm

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

Jump to: navigation, search
Charmm w ICM
Produkt: Charmm
Producent:
Licencja: akademicka
Zainstalowany na: halo2
Wersja: 31b1
Email: rakowski
Lista oprogramowania


Contents

Charmm

CHARMM, czyli "Chemistry at HARvard Molecular Mechanics" jest pakietem oprogramowania przeznaczonym do symulacji makrocząsteczkowych. Program, miedzy innymi, umożliwia obliczenia: minimalizacji energii, dynamiki molekularnej, symulacji Monte Carlo. W skład pakietu wchodzi również wiele narzędzi służących do przygotowania symulacji i analizy wyników.

Charmm w ICM

Uruchamianie

W chwili obecnej w ICMie jest dostępny pakiet w wersji 31b1. Pakiet - na życzenie - może być zainstalowany na klastrze halo2, zgodnie z warunkami licencyjnymi - patrz Licencja.

  • Użycie:

Wszystkie obliczenia prowadzone na klastrze powinny być wstawiane do systemu kolejkowego PBS zgodnie z instrukcją. Ponieważ programu należy używac na pojedyńczym procesorze jego uruchomienie nie wymaga użycia komendy mpirun. Aby ustawić ścieżkę umożliwiającą uruchomienie obliczeń komendą charmm należy uprzednio wydać (wstawić do sryptu ) komendę use_charmm.

  • Dostępne moduły obliczeń kwantowo-mechanicznych.

Program CHARMM może realizować obliczenia sprzężone kwantowo-klasyczne. Tylko jeden pakiet odpowiedzialny za kwantową część obliczeń może być jednak skompilowany z resztą kodu. Wobec tego zaistniała konieczność udostępnienia kilku plików wykonywalnych CHARMMa 31b1, z różnymi pakietami odpowiedzialnymi za obliczenia kwantowe. Podstawowa wersja charmm zawiera w sobie pakiet MOPAC, który umożliwia obliczenia na poziomie AM1, PM3, MNDO. W chwili obecnej dostępna jest także wersja z modułem do obliczeń kwatowych wykożystującym metodę SCC-DFTB.Uruchomienie następuje poprzez wywołanie komendy: charmm_dftb.

  • Kto może korzystać z pakietu.

Z pakietu mogą korzystać ci użytkownicy, którzy posiadają licencje akademicką otrzymaną od Harvard University. Po przedstawieniu licencji w ICM zostaną oni wpisani do grupy która może użytkować pakiet.

Licencja

  • Rodzaje licencji:
    • Akademicka: używanie w celach nie komercyjnych (academic or not-for-profit research) - opisywana na bierzącej stronie.
    • Komercyjna: korzystanie mozliwe jest wylacznie za zgoda Accelrys Inc. - dotyczy pakietu dołączonego do oprogramowania tej firmy. Oprogramowanie Accelrys Inc. w ICM


  • Inne wymagania:

Uzytkownik ICM, aby moc skorzystac z oprogramowania Charmma musi uprzednio uzyskac licencje od Harvard University a nastepnie po jej przedstawieniu w ICM, uzyska on dostep do zainstalowanego oprogramowania.

  • Publikacje wykorzytujace wyniki obliczen przy uzyciu Charmma musza cytowac nastepujaca prace:

B.R. Brooks, R.E Bruccoleri, B.D. Olafson, D.J. States, S. Swaminathan and M. Karplus [CHARMM: A Program for Macromolecular Energy, Minimalization and Dynamics Calculations, J. Comp. Chem. 4, 187-217 (1983)]

  • Dodatkowo jedna kopie takiej publikacji nelezy przeslac do "CHARMM Development Project".

Dokumentacja

Na stronie domowej Charmm'a dostępna jest pełna dokumentacja dla wszystkich wersji oprogramowania.

Retrieved from "http://www.icm.edu.pl/kdm/Charmm"