CLUSTALW
From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski
| CLUSTALW w ICM | |
|---|---|
| Produkt: | CLUSTALW |
| Producent: | T. Gibson, J. Thompson and D. Higgins |
| Licencja: | darmowa do celów akademickich |
| Zainstalowany na: | amonit, kabestan, halo |
| Wersja: | 1.81 |
| Email: | lukas@icm.edu.pl |
| Lista oprogramowania | |
Program CLUSTALW służy do generowania alignmentów dla wielu sekwencji biologicznych (białek lub kwasów nukleinowych) jednocześnie. Algorytm opiera się na łączeniu najbardziej podobnych sekwencji (neighbour joining).
Contents |
Ustawienie środowiska:
* use_clustalw
Dokumentacja:
- more /opt/clustalw/README
- CLUSTAL basic help (Angielski)
- http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/Help/clustalw_help_1.8.html
Referencje:
- Jeanmougin, F., Thompson, J. D., Gouy, M., Higgins, D. G. and Gibson, T. J. (1998) Multiple sequence alignment with Clustal X. Trends Biochem Sci, 23, 403-5.
- Thompson, J. D., Gibson, T. J., Plewniak, F., Jeanmougin, F. and Higgins, D. G. (1997) The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research, 24:4876-4882.
- Higgins, D. G., Thompson, J. D. and Gibson, T. J. (1996) Using CLUSTAL for multiple sequence alignments. Methods Enzymol., 266, 383-402.
- Thompson, J. D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positions-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22:4673-4680.
- Higgins, D. G., Bleasby, A. J. and Fuchs, R. (1992) CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. CABIOS 8,189-191.
- Higgins, D. G. and Sharp, P. M. (1989) Fast and sensitive multiple sequence alignments on a microcomputer. CABIOS 5,151-153.
- Higgins, D. G. and Sharp, P. M. (1988) CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. Gene 73,237-244.
Instalacja:
- /opt/clustalw (/opt/clustal na halo)
Category: Oprogramowanie
