CD-HIT

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

CD-HIT w ICM
Produkt:	CD-HIT
Producent:	W.Li (Burnham Inst.)
Licencja:	darmowa do celów akademickich
Zainstalowany na:	halo, burza
Wersja:	1.0
Email:	lukas@icm.edu.pl
Lista oprogramowania

Program do grupowania sekwencji bialek w oparciu o stopien identycznosci sekwencji (%). Format danych wejsciowych: FASTA.

Contents 1 Ustawienie środowiska: 2 Dokumentacja: 3 Referencje: 4 Instalacja:

Ustawienie środowiska:

   * use_cd-hit

Dokumentacja:

• http://bioinformatics.org/cd-hit/manual.php
• more /opt/cd-hit/README

Referencje:

• Li W, Jaroszewski L, Godzik A. Clustering of highly homologous sequences to reduce the size of large protein databases. Bioinformatics. 2001 Mar;17(3):282-3.
• Li W, Jaroszewski L, Godzik A. Tolerating some redundancy significantly speeds up clustering of large protein databases. Bioinformatics. 2002 Jan;18(1):77-82.

Instalacja:

• /opt/cd-hit