Biomolekularne pakiety akademickie

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

Contents 1 Dostępne bazy danych 2 Operacje na sekwencjach 3 Modelowania i operacje na strukturach 4 Wizualizacja (bez modelowania)

Dostępne bazy danych

• NR
• PDB
• Human proteome
• CDD
• Pfam

Operacje na sekwencjach

• BLAST
• CD-HIT
• CLUSTALW
• HMMER
• MUSCLE
• NCBITOOLS
• PROBCONS
• PSI-PRED
• SEALS

Modelowania i operacje na strukturach

• AUTODOCK
• CE na halo od (1.01.2007)
• DSSP
• Jackal
• HBPLUS
• LIGIN
• NACCESS
• NUCPLOT
• PROCHECK
• PROMOTIF
• SCWRL
• XSITE

Wizualizacja (bez modelowania)

• BOXSHADE
• LIGPLOT
• NJPLOT
• Raster3D
• SEAVIEW
• SURFNET