Amber

From Centrum Komputerów Dużej Mocy, ICM Uniwersytet Warszawski

Amber w ICM
Produkt:	Amber
Producent:
Licencja:	akademicka
Zainstalowany na:	halo2 notos
Wersja:	9
Email:	rakowski
Lista oprogramowania

Amber

Nazwa AMBER obejmuje zarówno pole siłowe wykorzystywane w symulacjach biomolekularnych, jak i pakiet oprogramowania pozwalający na wykonywanie tych symulacji. Aktualna wersja AMBERa zainstalowana w ICM nosi numer 9.

Na pakiet AMBER składa się wiele programów. Najważniejsze z nich to:

• sander

Simulated annealing with NMR-derived energy restraints. Program pozwala na poprawianie struktur uzyskanych metodą NMR na podstawie uzyskanych z NOE więzów na odległości i kąty torsyjne, z funkcją kary (ang. penalty function) bazującą na przesunięciach chemicznych i objętościach NOESY (ang. NOESY volumes). sander jest podstawowym programem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej.

• gibbs

Program pozwala na obliczenia zaburzeń energii swobodnej (FEP), całkowanie termodynamiczne (TI, metodami window growth, slow growth i dynamically modified windows) oraz potencjału średniej siły (PMF).

• roar

Ten moduł jest autorstwa grupy Kena Merza z Uniwersytetu Stanowego Pennsylwanii. Pozwala na mieszane obliczenia kwantowomechaniczne i mechaniki molekularnej (QM/MM), ,,prawdziwe symulacje Ewalda i zmienne integratory dynamiki molekularnej (ang. alternate molecular dynamics integrator).

• nmode

Program do analizy modów normalnych, używający informacji z pierwszych i drugich pochodnych. Używany do poszukiwania minimów lokalnych i stanów przejściowych oraz analizy modów drgań (ang. vibrational analysis).

• LEaP

Jest to program wykorzystujący interfejs graficzny X Window, pozwalający na budowanie prostych modeli i tworzenie plików wejściowych (input files) AMBERa zawierających współrzędne, topologię i inne parametry. Zawiera edytor molekuł pozwalający na budowanie residuów i manipulowanie cząsteczkami.

• interface

Interface to język skryptowy pozwalający na uruchamianie programów sander i gibbs ze specyfikacją wejściową wyższego poziomu (higher-level input specification). Zawiera funkcje takie jak pętle DO, instrukcje IF i GOTO, pozwala na przypisywanie wartości zmiennym... Umożliwia uruchomienie wielu zadań AMBERa z jednego skryptu przy zmianie zadanych parametrów w kolejnych symulacjach. Na przykład można wykonać serię obliczeń przy zmienianych w pętli DO wartościach więzu na wielkość zadanego kąta torsyjnego.

Amber w ICM

W chwili obecnej w ICMie dostępny jest pakiet Amber w wersji 8.

• Moduł xleap:

W celu ułatwienia pracy interaktywnej z modułem xleap (służącym do przygotowywania plików inputowych) został on zainstalowany na rekinie. Przed użyciem należy wpisać komendę use_xleap, która ustawia zmienne środowiskowe i umożliwia uruchomienie programu komendą: xleap.

• Moduły obliczeniowe:

Moduły obliczeniowe Ambera są zainstalowany na klastrze obliczeniowym halo2. Wśród nich moduły: sander, sanderLES, pmemd zostały zainstalowane w wersji równoległej. Wszystkie zadania obliczeniowe powinne być uruchamiane za pomocą systemu kolekjowego PBS. Należy pamiętać, w przypadku kodów równoległych, aby w skrypcie uruchamiającym obliczenia użyć komendy mpiexec, według przykładu zamieszczonego na stronie:PBS.

Pozostałe moduły mogą być uruchamiane tylko na pojedyńczych procesorach. Na klastrze halo przed uruchominiem oprogramowania należy wydać komende use_amber.

Dokumentacja

Dla nowych użytkowników pakietu bardzo pomocne będą tutoriale zamieszczone na stronie domowej pakietu. Dostępna jest także pełna dokumentacja Ambera (w formacie pdf). Ponadto istnieje lista dyskusyjna użytkowników Ambera.