Accelrys: Uruchamianie

Oprogramowanie Accelrys w ICM
Nowinki
Produkty
Uruchamianie
Szkolenia, spotkania, seminaria
Licencja krajowa
Zasady uczestnictwa 2014/2015
Współuczestnicy
Publikacje uczestników
Poradniki
NaZaPki: Licencja Accelrys
Dokumentacja: Insight II (po polsku)
Poradnik ICM: Modelowanie biomolekularne
(Joanna Trylska, Magdalena Gruziel)
Poradnik ICM: Projektowanie leków
(Piotr Setny)
molnet.eu - niezależny portal internetowy
poświęcony modelowaniu; redagowany
przez Marka Doskocza

Część modułów obliczeniowych oprogramowanie Accelrys dostęna jest na halo (tylko z linii komend). Wizualizacja i budowa molekuł spod interfejsu InsightII możliwa jest na maszynie labuz1. Tam też zainstalowane jest Discovery Studio 2.0.


Spis treści

Praca na komputerze labuz1

InsightII

Aby uruchomić InsightII'a należy ustawić niezbędne zmienne środowiskowe poleceniem

use_insightII

a następnie, jeśli pracujemy lokalnie, uruchomić program poleceniem

insightII

jeśli pracujemy zdalnie:

insightII -gl

UWAGA! Lokalnie można pracować także w trybie 3D.


Discovery Studio

Zainstalowane wersje to DS 1.7 oraz 2.0. Wersję 2.0 uruchamia się krótkim poleceniem:

ds

Jeśli ktoś koniecznie chciałby skorzystać z wersji 1.7, która wkrótce zostanie odinstalowana, prosimy o kontakt z opiekunem licencji.


Cerius 2

Zainstalowana wersja to Cerius2 4.11. Program uruchamia się poleceniem:

c2

Obliczenia na halo

Oczywiście i tu wszystkie obliczenia uruchamiane są poprzez system kolejkowy. Przykładowe skrypty kolejkowe znaleźć można w katalogu /opt/accelrys/examples na halo.

Na halo można obecnie korzystać tylko z linii komend z modułów Discover, DelPhi i CHARMm31b1 lub CHARMm32b1.

Aby uruchomić Discover'a lub DelPhi

1. Ustawić zmienne środowiskowe poleceniem:

use_accelrys

2. Uruchomić programy odpowiednim z poleceń:

fdiscover
delphi

Aby uruchomić CHARMm31b1

use_accelrys
set_context charmm31b1
charmm  (lub charmm.xxlarge - różnice między tymi dwoma opisane zostały krótko powyżej)

Aby uruchomić CHARMm32b1

Po pierwsze warto dodać do skryptu kolejkowego poniższą linijkę:

EXE=/opt/accelrys/CHARMm32b1/bin/charmm

Przypisze ona zmiennej EXE położenie skryptu uruchamiającego obliczenia CHARMm'em.

Po drugie należy ustalić jak duży mamy układ i jaką metodą chcemy liczyć, gdyż ta najnowsza edycja CHARMm'a, podobnie jak poprzednia działa w kilku wersjach:

-large do 60 tys. atomów, do 15 tys. reziduów $EXE < plik_wejściowy > plik_wyjściowy
-xxlarge do 360 tys. atomów, do 90 tys. reziduów $EXE -xxlarge < plik_wejściowy > plik_wyjściowy
-huge do 1 mln atomów, do 800 tys. reziduów $EXE -huge < plik_wejściowy > plik_wyjściowy
-xxlarge w wersji równoległej $EXE -np 2 -xxlarge < plik_wejściowy > plik_wyjściowy
-huge w wersji równoległej $EXE -np 2 -huge < plik_wejściowy > plik_wyjściowy

W ostatniej kolumnie tabeli podane są komendy uruchamiające konkretne obliczenia, przy czym -np oznacza liczbę procesorów, na jaką dedykujemy obliczenia. Przykładowy skrypt kolejkowy znajduje się w katalogu /opt/accelrys/examples/charmm32b1 na halo.


UWAGA!
CHARMm w wersji rónoległej działa wyłącznie na liczbach procesorów będących potęgami dwójki, np. 1, 2, 4, 8, itd.

Pola siłowe w CHARMm32b1

W CHARMm32b1 dostępne są poniższe pola siłowe:

CHARMm
CHARMm/mmff
XPROLIG
XPROLIG/charmm22
cff
charmm19
charmm22
charmm27

Wszystkie zawarte są w katalogu /opt/accelrys/CHARMm32b1/share/forcefield. Może się okazać podaczas obliczeń, że należy ustawić zmienną ACCELRYS_LIBRARY na ścieżkę odpowiedniej dla naszych obliczeń biblioteki. W tym celu wystarczy dodać do naszego skryptu kolejkowego poniższą linijkę:

export ACCELRYS_LIBRARY=/opt/accelrys/CHARMm32b1/share/forcefield/TU_PODAJEMY_NAZWĘ_POLA_SIŁOWEGO__JEDNĄ_Z_WYŻEJ_WYMIENIONYCH


Obliczenia na latimerii

Już nie są możliwe.