Accelrys: Projekty

Oprogramowanie Accelrys w ICM
Nowinki
Produkty
Uruchamianie
Szkolenia, spotkania, seminaria
Licencja krajowa
Zasady uczestnictwa 2014/2015
Współuczestnicy
Publikacje uczestników
Poradniki
NaZaPki: Licencja Accelrys
Dokumentacja: Insight II (po polsku)
Poradnik ICM: Modelowanie biomolekularne
(Joanna Trylska, Magdalena Gruziel)
Poradnik ICM: Projektowanie leków
(Piotr Setny)
molnet.eu - niezależny portal internetowy
poświęcony modelowaniu; redagowany
przez Marka Doskocza

Publikacje wydrukowane lub oddane do druku od 2005 roku


Spis treści

Katedra Technologii Leków i Biochemii, Politechnika Gdańska

  1. MM/PBSA analysis of molecular dynamics simulations of bovine-lactoglobulin: free energy gradients in conformational transitions?, F. Fogolari, E. Moroni, M. Wojciechowski, M. Baginski, L.Ragona, H. Molinari, Proteins: Struct.Funct.Bioinformat. 59, 91-103 (2005)
  2. Molecular modeling of membrane activity of amphotericin B, the polyene macrolide antifungal antibiotic., M. Baginski, K. Sternal, J. Czub, E. Borowski, Acta Biochim. Pol. 52, 655-658 (2005)
  3. Induction of unique structural changes in guanine-rich DNA regions by the triazoloacridone C-1305, a topoisomerase II inhibitor with antitumor activities, K. Lemke, M. Wojciechowski, W. Laine, Ch. Bailly, P. Colson, M. Baginski, A.K. Larsen, A. Skladanowski, Nucl. Acids Res. 33, 6034-6047 (2005)
  4. Thermodynamic and electrostatic properties of ternary Oxytricha nova TEBP-DNA complex., M. Wojciechowski, F. Fogolari, M. Baginski, J. Struct. Biol. 152, 169-184 (2005)


Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział Fizyki

  1. Publikacja przyjęta do Theoret. Chemistry Accounts, S. Orłowski W. Nowak, Oxygen Diffusion in Minihemoglobin from cerebratus lacteus - a Locally Enhanced Sampling Study
  2. W.Nowak, P.Marszalek, Molecular Dynamics Simulations of Single Molecule Atomic Force Microscope Experiments in Current Trends in Computational Chemistry, J. Leszczynski (Ed.) World Scientific, Singapore, 2005, str. 47-83.


Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej IIMCB Laboratorium Biomodelowania, Warszawa

  1. S. Filipek, Organization of rhodopsin molecules in native membranes of rod cells - old theoretical model compared to new experimental data, J.Mol.Model. (2005) 11, 385-391
  2. A. Modzelewska, S. Filipek, K. Palczewski, P.S.-H. Park, Arrestin interaction with rhodopsin: conceptual models, Cell Biochem. Biophys., in print
  3. I. Sokal, W.J. Dupps, M.A. Grassi, J. Brown, Jr., L.M. Affatigato, N. Roychowdhury, L. Yang, S. Filipek, K. Palczewski, E.M. Stone, W.Baehr, A Novel GCAP1 Missense Mutation (L151F) in a Large Family with Autosomal Dominant Cone-Rod Dystrophy (adCORD), Invest. Ophth.Vis. Sci. (2005) 46, 1124-1132


Uniwersytet Jagielloński, Collegium Medicum, Zakład Biostatyki

  1. Brylinski M, Konieczny L, Roterman I., SPI Structure Predictability Index, In Silico Biology 5, (227-237), 2005
  2. Spólnik P, Konieczny L, Piekarska B, Rybarska J, Stopa B, Zemanek G, Drozd A, Król M, Roterman I, Wolska-Smoleń T, Skotnicki A. Congo red-derived supramolecular dyes as probes for disclosure of the aggregat tendency of abnormal monoclonal immunoglobulins. Polish Journal of Environmental Studies, 14, 2005, 776-781
  3. Bryliński M, Konieczny L, Czerwonko P, Jurkowski W, Roterman I., Early-stage folding in proteins (in silico) Sequence-to-structure relation. Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2, 65-79, 2005
  4. Król M, Roterman I, Piekarska B, Konieczny L, Rybarska J, Syopa B, Spolnik P., Analysis of correlated domain motions in IgG light chain reveals possible mechanism of immunoglobulin signal transduction, Proteins Structure Function Bioinformatics, 59, 545-554, 2005
  5. Król M, Roterman I, Drozd A, Konieczny L, Piekarska B, Rybarska J, Spólnik P, Stopa B., The Increased Flexibility of CDR Loops Generated in Antibodies by Congo Red Complexation Favors Antigen Binding, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 23, 407-416, 2006


Instytut Biochemii i Biofizyki PAN w Warszawie

  1. E.Jablonska-Skwiecinska, M. Maciag, D.Plochocka, E. Czajkowska-Mendek, E.Zdebska, B. Burzynska. Mutacja G1529A genu kinazy pirogronianowej krwinek czerwonych u chorego z wrodzona niesferocytowa niedokrwistość hemolityczna. Acta Haematologica Polonica. 2005; 36:343-354
  2. Szkopinska A, Plochocka D. Farnesyl diphosphate synthase; regulation of product specificity. Acta Biochim Pol. 2005;52:45-55


Wojciech Grochala, ICM/Wydział Chemii Uniwersytet Warszawski

  1. Jaron T, Grochala W, Hoffmann R, How do electrons travel in unusual metallic fluorides of Ag2+?, Phys. Stat. Sol. B, 242(1): R1-R3 2005
  2. Feng J, Grochala W, Jaron T, Hoffmann R, Bergara A, Ashcroft NW, Prediction of Superconductivity in SiH4 at High Pressure - En Route to Metallic Hydrogen, Phys.Rev.Lett. 96(1): 017006 2006
  3. Martinez-Canales M, Bergara A, Feng J and Grochala W., Pressure Induced Metallization of Germane, J.Phys.Chem.Solids (SMEC 2005 Proceedings), w druku 2006


Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biotechnologii

  1. K. Murzyn, T. Rog, M. Pasenkiewicz-Gierula., Phosphatidylethanolamine phosphatidyl-glycerol bilayer as a model of the inner bacterial membrane, Biophys. J., 88, 1091- 1103, 2005
  2. M. Jemiola-Rzeminska, M. Pasenkiewicz-Gierula, K. Strzalka. The behaviour of β-carotene in the phosphatidylcholine bilayer as revealed by molecular simulation study., Chem. Phys.Lipids., 135, 27-37, 2005
  3. T. Rog, M. Pasenkiewicz-Gierula, Cholesterol effects on a mixed-chain phosphatydylcholine bilayer: a molecular dynamics simulation study., Biochimie. (in press, wysłane w lipcu 2005)


Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe PAN w Poznaniu, Instytut Chemii Bioorganicznej

  1. M.Szachniuk, L.Popenda, Z.Gdaniec, R.W.Adamiak, J.Błażewicz, NMR analysis of RNA bulged structures: tabu search application in NOE signal assignment, Proceedings of the 2005 IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology, 2005, pp. 172-178
  2. M. Plevnik, Z. Gdaniec, J. Plavec, Solution structure of a modified 2,5-linked RNA hairpin involved in an equilibrium with duplex, Nucleic Acids Res., (2005), 33, 1749-1759


Wrocławskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe, Politechnika Wrocławska

  1. Berlicki Ł., Obojska A., Forlani G., Kafarski P., Design, Synthesis, and Activity of Analogues of Phosphinothricin as Inhibitors of Glutamine Synthetase, J.Med.Chem., 48, 6340-6349, 2005
  2. Szyja B., Szczygieł J., Modeling benzene sorption and diffusion in a g-Al2O3 catalyst, Journal of Computer-Aided Materials Design, 11, 29-41, 2004
  3. Correlations between calculated electronic structure of selected titania and their photocatalytic activity. Anna Piotrowska, Bartłomiej Szyja, Jerzy Walendziewski, Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry w oczekiwaniu na recenzje
  4. I. Mossakowska, G. Wójcik, Crystal Structure Prediction of Nitrobenzene Derivatives, XX Congress of The International Union of Crystallography, Florence 2005, Acta.Cryst., (2005), A61, C155
  5. I. Mossakowska, G. Wójcik, Porównanie struktur przewidzianych i eksperymentalnych monopodstawionych nitrobenzenów, 47 Konwersatorium Krystalograficzne, Wrocław 2005